Η μαγνητική τομογραφία (ΜΤ) αποτελεί την νεώτερη διαγνωστική εξέταση που έχει προστεθεί στο οπλοστάσιο των καρδιολόγων τα τελευταία χρόνια. Είναι και αυτή αναίμακτη, ανώδυνη και ακίνδυνη, αφού δεν χρησιμοποιεί ραδιενεργό ακτινοβολία.

Προσφέρει εικόνες εξαιρετικά υψηλής ευκρίνειας που δεν περιορίζονται από τη σωματική διάπλαση του ασθενούς και μπορεί να δώσει πληροφορίες τόσο για την ανατομία όσο και για τη λειτουργική κατάσταση της καρδιάς και των αγγείων.

Το μόνο μειονέκτημά της είναι ότι οι ασθενείς πρέπει να μείνουν για αρκετή ώρα σχετικά ακίνητοι, κάτι που είναι πολύ δύσκολο για τα μικρά παιδιά. Και αυτή η δυσκολία όμως ξεπερνιέται με τη βοήθεια ενός έμπειρου αναισθησιολόγου.

Είναι ιδιάιτερα σημαντικό, όπως και με το ΥΚΓ, η ΜΤ να γίνει από γιατρό έμπειρο στη διάγνωση και αξιολόγηση των καρδιολογικών προβλημάτων της παιδικής ηλικίας.